Influence de la taille efficace de population sur l'architecture des génomes : étude par modélisations et simulations

Septembre 2022 — Août 2025 (?) Actuel

Thèse au sein de l'équipe INRIA Beagle, à Lyon (INSA), sous la direction de Guillaume Beslon et Nicolas Lartillot.

L’origine de la complexité des génomes eucaryotes demeure très débattue. En 2003, M. Lynch a proposé qu'elle soit issue d’un équilibre entre l’apparition de variants faiblement délétères et leur taux de fixation. Selon cette hypothèse, la taille efficace de la population, Ne, serait donc le premier facteur régulant la complexité des génomes. Bien que très populaire, cette hypothèse est difficile à tester empiriquement. Nous proposons d’utiliser le modèle d’évolution in silico « Aevol » afin de la tester dans des conditions parfaitement contrôlées. Pour cela le modèle sera modifié pour intégrer les caractéristiques structurelles des génomes eucaryotes. Nous évaluerons ensuite l’influence de Ne, des taux de mutation et de la dynamique des éléments transposables sur la complexité des génomes.

Detecting the ecological footprint of selection

Décembre 2022

Preprint, soumis.

Genome streamlining

in prep

Récemment diplômée de l'ENS Ulm, je commence ma thèse à Lyon au sein de l'équipe INRIA Beagle.

Ma thèse porte sur l'étude de l'architecture des génomes eucaryotes, à l'aide du logiciel Aevol.

J'occupe mon temps libre par la lecture, le volley, le code, Wikipedia et Twitter.