Aevol est un logiciel de simulation de vie artificielle individu-centré, qui permet d'étudier l'évolution. Chaque individu est composé d'un génome circulaire écrit en binaire. Le long de cette séquence, des promoteurs et séquences terminatrices peuvent être reconnues et délimitent des ARN. Dans chaque ARN peuvent se trouver des protéines délimitées par des codons START et STOP. Les protéines sont traduites mathématiquement pour définir des triangles, caractérisés par une position latérale sur l'axe des phénotypes, leur lageur et leur hauteur. La somme des triangles forme le phénotype des individus, et la distance entre celui-ci et une fonction-cible, qui définit l'environnement, représente leur fitness. Chaque génération est soumise à sélection et chaque clone peut subir des événements mutationnels (mutations ponctuelles, dupications, délétions, translocations, inversions) : c'est ce qui permet d'observer l'évolution.

Ce logiciel est développé par l'équipe INRIA Beagle, à Villeurbanne.

Étude des dynamiques de fusion/fission des mitochondries

Février — Juin 2022

Stage de césure au sein de l'équipe biologie théorique de l'Université d'Utrecht, sous la supervision de Paulien Hogeweg.
J'ai utilisé une extension du modèle CPM Artistoo pour tenter de comprendre si la dynamique de fusion/fission communément observée dans les mitochdonries joue un rôle clé dans le système de correction des erreurs de l'ADN.

MESS (Massive Eco-evolutionary Synthesis Simulations) est un logiciel permettant de faire des simulations d'assemblages de communauté. En simulant la colonisation d'une île, avec des migraitons possibles depuis le continent et différentes formes de sélection à l'oeuvre, des données d'abondances, de diversité génétique et de traits sont générées. Ces données générées peuvent être confrontée à des données empiriques pour en déduire les paramètres sous-jacents.